Per far fronte ai continui abusi dei proprietari terrieri e dei massari di campo, una parte delle entrate doganali veniva reinvestita nella reintegra dei terreni demaniali e nel controllo del regolare svolgimento della transumanza. Accanto alle reintegre puntuali, effettuate ogniqualvolta venisse rilevata una violazione, si resero necessarie anche reintegre integrali, volte a sanare situazioni particolarmente gravi in cui le manomissioni avevano compromesso l’intero sistema della transumanza, rendendo difficoltosa la percorrenza degli stessi tratturi, che ne costituivano l’asse portante.

La prima reintegra integrale ebbe luogo tra il 1551 e il 1554, circa un secolo dopo l’istituzione della Dogana. Fu la prima occasione in cui si procedette a un’opera sistematica di apposizione dei cippi di confine caratterizzati dalla sigla RT (Regio Tratturo), allo scopo di delimitare i tratturi, ripristinandone chiaramente la larghezza in 60 passi napoletani (circa 111 metri) ed eliminando le usurpazioni, principalmente ad opera dei baroni locali. In tale occasione si procedette anche alla mappatura complessiva dei percorsi. L’iniziativa fu voluta da Pedro de Toledo, viceré di Napoli, che tuttavia morì nel 1553 prima di vederne il completamento.

La seconda reintegra seguì a distanza di circa cinquant’anni, nel periodo 1592–1595. Fu promossa da Enrique de Guzmán, conte di Olivares e viceré di Napoli, con l’obiettivo di aggiornare il lavoro precedente e di definire in modo più preciso i riposi, ossia i luoghi di sosta delle greggi transumanti, e le aree accessorie. Anche in questa occasione vennero apposti cippi di confine per delimitare i tratturi.

Nel 1651 Capecelatro condusse un intervento sul Tavoliere e su alcuni tratturi abruzzesi, finalizzato a verificare lo stato dei tratturi, accertare usurpazioni, restringimenti e occupazioni abusive, con lo scopo di redigere rapporti dettagliati destinati alla Dogana di Foggia. L’intervento non fu una reintegra integrale, ma piuttosto una ricognizione amministrativa e tecnica, fatta con l'obiettivo di informare la Corona sulle irregolarità e suggerire eventuali interventi correttivi.

La terza reintegra, collocabile tra il 1749 e il 1751, maturò nel clima riformatore promosso da Bernardo Tanucci, segretario di Stato di Carlo di Borbone. Si basò in larga parte sulle ricognizioni tecniche effettuate intorno agli anni 20 e 30 del '700 da Giovan Battista (o Giovanni Battista) Bonamici, un  ingegnere e commissario tecnico della Regia Dogana. Essa consistette in larga misura in una presa d’atto della situazione esistente. Verso la metà del Settecento l’istituto della transumanza era ormai in forte declino e la pressione esercitata dai proprietari terrieri confinanti con i tratturi risultava molto intensa. L’intervento borbonico mirava soprattutto a monetizzare le usurpazioni già avvenute: non furono quindi apposti nuovi cippi di confine, né si tentò di ripristinare la larghezza originaria dei tratturi nei tratti in cui essa era stata ridotta.

L’ultima reintegra (1810–1811) ebbe luogo dopo l’abolizione della Dogana di Foggia nel 1806, ad opera del governo francese, sotto Giuseppe Bonaparte e successivamente Gioacchino Murat. Poiché l’obbligatorietà della transumanza era venuta meno, l’obiettivo dell’intervento fu esclusivamente quello di accatastare e delimitare i beni demaniali residui. In questa fase furono apposti nuovi cippi, questa volta numerati progressivamente, per segnare ciò che rimaneva dei tratturi. I cippi collocati su un lato del tratturo recano numeri pari, quelli sul lato opposto numeri dispari. I cippi contrapposti non condividono dunque lo stesso numero, ma avanzano secondo una progressione longitudinale sincronizzata per ciascun lato. In questo modo, la numerazione proseguiva di pari passo su entrambi i lati. Nel caso di curve, per mantenere tale sincronizzazione venivano posti due o più cippi con lo stesso numero sul confine più esterno.

In alcuni rari punti del tracciato è ancora oggi possibile rinvenire, simultaneamente, cippi riconducibili alla prima, alla seconda e alla quarta reintegra, a testimonianza della stratificazione storica degli interventi di delimitazione. 

Risale infine agli anni dal 1875 al 1884 l'ultima grande ricognizione storiaca, effettuata dopo la costituzione del Regno di Italia. Fu fatta ad opera, tra gli altri, dei geometri Eduardo Bonamici e Carlo Ciampi ed era volta ad stabilire ciò che ancora rimanesse, a livello demaniale, dei tratturi.

L'ultima mappa ufficiale fu stampata nel 1912, con decreto pubblicato nella Gazzetta Ufficiale n. 97 del 23 aprile 1912.  La risultante Carta dei tratturi, tratturelli, bracci e riposi consiste in una cartina in scala 1:50000 comprendente l'intera rete tratturale con il relativo stato di conservazione. Un suo aggionamento a cura dell'Istituto Geografico Militare fu poi pubblicato nel 1959.